Наталья Валерьевна, если дети едут впервые - обзорную по городу (бывают на 4 и на 6 часов, с музеями и без них).
Стандартный набор: Эрмитаж, Кунсткамера, Петергоф (музеи), Пушкин, Павловск, Пушкинские места, музей Истории города, Пискаревка, Литературные места. Вариантов множество. 
Перед театром (если спектакль вечером) нужно закончить экскурсии не меньше, чем за полтора-два часа, поесть плюс дорога до театра, если все в в районе Невского (чтобы сходить в театр из района "Озеро Долгое" в центр города я выезжаю за 1,5-2 часа).
Все заказывать надо заранее. Думаю, что сейчас уже придется исходить из того, что удастся заказать.

Уважаемые форумчане, откликнетесь, кто живет в историческом центре Санкт-Петербурга. Гостиница у Натальи Валерьевны в районе Смольного-Таврического и кто может в реальном времени отследить наличие (функционирование) дешевых кафе-столовых в этом районе.  Давайте помнить, что площадь Санкт-Петербурга почти 1,5 тыс. кв. км.

Санкт-Петербург - это магия. Самое лучшее, если с Вами 8-9 классы, это выезд 10-12 человек и 2-х сопровождающих в 00.00 часов (приблизительно). Утром от Московского вокзала идем пешком к Зимнему дворцу. Это 1 час пути. Один сопровождающий встал в очередь у Зимнего, а второй учитель (родитель) идет пешком с ребятами в Петропавловскую крепость. Когда очередь на вход подойдет в 9-00 час., ребята вернутся. Нужно купить путеводитель залов и самим пройти по залам. Через пару часов вы спускаетесь в холл и "валитесь" от усталости на диванчики под лестницей. Теперь выходите на улицу, переходите проезжую часть и поднимаетесь на катерок (купив билеты) и сладко спите под слова "Посмотрите налево, посмотрите направо". Всё равно здорово! Потом можно пойти в Макдональдс. В сквере можно перекусить тем, что продают "на колесах". Погуля по Тверской, сделать селфи с Петром -I и т.п. Ближе к вечеру продвигаетесь к вокзалу пешком. Увидите памятник Екатерине, похожий на "1000-летие России" перед  Концертным залом "Октябрьским" Около 00.00 часов вы отправляетесь в Москву. Билеты взять туда-обратно.  Чтобы обрести приятные ощущения от поездки, берегитесь от карманников и бомжей, особенно на вокзале, катере, улице. Приятных путешествий. Если же Вы заказали экскурсию, детей накормят в той столовой, которая запланирована и оплачена.